GENÓMICA MICROBIANA APLICADA

Descripción

En la Unidad de Genómica Microbiana Aplicada trabajamos en las aplicaciones de la secuenciación genómica como herramienta de investigación básica, de vigilancia epidemiológica y diagnóstico de infecciones bacterianas. Empleamos técnicas avanzadas de genómica de poblaciones para caracterizar las bases genéticas de la adaptación y fenotipos bacterianos, con particular énfasis en las resistencias a antibióticos; así como en métodos de vigilancia genómica para estudiar la epidemiología de bacterias patógenas. También trabajamos en el desarrollo de pipelines y estándares para el análisis e interpretación de datos genómicos de bacterias, y en la identificación de marcadores genéticos para la vigilancia epidemiológica y diagnóstico de bacterias patógenas y resistencia antimicrobianas. Trabajamos de manera colaborativa con bacteriólogos moleculares, médicos especializados en enfermedades infecciosas, laboratorios de salud pública, y otros grupos de investigación en genómica microbiana para llevar a cabo nuestros proyectos de investigación.

Tenemos experiencia y trabajamos en las siguientes áreas de investigación y metodológicas:

1. 1.  Aplicación de estudios de asociación del genoma completo a poblaciones bacterianas.
   2. Evolución y adaptación de bacterias patógenas y comensales.
   3. Predicción de resistencias a antibióticos a partir de secuencias de genomas bacterianos.
   4. Adquisición, evolución y transmisión de las resistencias a antibióticos.
   5. Desarrollo de pipelines y estándares bioinformáticos para el análisis e interpretación de datos genómicos bacterianos.
   6. Epidemiología genómica de patógenos bacterianos.

Personal

Últimas publicaciones

Coll F, Gouliouris T, Blane B, Yeats CA, Raven KE, Ludden C, Khokhar FA, Wilson HJ, Roberts LW, Harrison EM, Horner CS, Le TH, Nguyen TH, Nguyen VT, Brown NM, Holmes MA, Parkhill J, Estee Török M, Peacock SJ.
Antibiotc resistance determination using Enterococcus faecium whole-genome sequences: a diagnostic accuracy study using genotypic and phenotypic data.
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Coll F.
Key variables affecting genetic distance calculations in genomic epidemiology. Lancet Microbe.
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Coll F, Gouliouris T, Bruchmann S, Phelan J, Raven KE, Clark TG, Parkhill J, Peacock SJ.
PowerBacGWAS: a computational pipeline to perform power calculations for bacterial genome-wide association studies.
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Coll F, Raven KE, Knight GM, Blane B, Harrison EM, Leek D, Enoch DA, Brown NM, Parkhill J, Peacock SJ.
Definition of a genetic relatedness cutoff to exclude recent transmission of meticillin-resistant <i>Staphylococcus aureus</i>: a genomic epidemiology analysis.
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Gouliouris T, Coll F, Ludden C, Blane B, Raven KE, Naydenova P, Crawley C, Török ME, Enoch DA, Brown NM, Harrison EM, Parkhill J, Peacock S
Quantifying acquisition and transmission of Enterococcus faecium using genomic surveillance.
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Coll F, Phelan J, Hill-Cawthorne GA, Nair MB, Mallard K, Ali S, Abdallah AM, Alghamdi S, Alsomali M, Ahmed AO, Portelli S, Oppong Y, Alves A, Bessa TB, Campino S, Caws M, Chatterjee A, Crampin AC, Dheda K, Furnham N, Glynn JR, Grandjean L, Minh Ha D, Hasan R, Hasan Z, Hibberd ML, Joloba M, Jones-Lópe EC, Matsumoto T, Miranda A, Moore DJ, Mocillo N, Panaiotov S, Parkhill J, Penha C, Perdigão J, Portugal I, Rchiad Z, Robledo J, Sheen P, Shesha NT Sirgel FA, Sola C, Oliveira Sousa E, Streicher EM, Helden PV, Viveiros M, Warren RM, McNerney R, Pain A, Clark TG.
Genome-wide analysis of multi- and extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis.
Nat Genet. 2018 Feb;50(2):307-316. doi: 10.1038/s41588-017-0029-0. Epub 2018 Jan 22. Erratum in: Nat Genet. 2018 Apr 19;: PMID: 29358649.

Coll F, Harrison EM, Toleman MS, Reuter S, Raven KE, Blane B, Palmer B, Kappeler ARM, Brown NM, Török ME, Parkhill J, Peacock SJ.
Longitudin l genomic surveillance of MRSA in the UK reveals transmission patterns in hospitals and the community.
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